Thiền viện Trúc lâm Tuệ Đức được xây dựng trên nền chùa cổ Kim Tôn thuộc xã Đồng Quế, huyện Sông Lô, Thiền viện nằm ở độ cao khoảng 300m so với mực nước biển.
Thiền viện Trúc lâm Tuệ Đức tọa lạc trên núi Hình Nhân, trong dãy Sáng Sơn thôn Thanh Tú, xã Đồng Quế, huyện Sông Lô, nơi tụ hội thanh khí của đất trời và mạch nguồn tâm linh được lưu truyền từ nhiều thế hệ.
Dựa trên các mẫu hình cổ vật và chất liệu họa tiết hoa văn trang trí còn sót lại, chùa cổ Kim Tôn được xây dựng vào khoảng cuối thời Lý (1010 – 1225), đầu thời Trần (1225 – 1400), giai đoạn phát triển cực thịnh của Phật giáo Đại Việt. Ngôi đại danh lam cổ tự này là một trong những trung tâm Phật giáo lớn của Vĩnh Yên và tỉnh Vĩnh Phú xưa, với quần thể kiến trúc uy nghi, xán lạn.
Năm 2009, Sở Văn hóa Thể thao và Du lịch tỉnh Vĩnh Phúc phối hợp cùng Bảo tàng Lịch sử Việt Nam tiến hành khai quật khu vực chùa cổ Kim Tôn, đã tìm thấy rất nhiều hiện vật gồm các loại gạch, ngói và đồ gốm sứ… Chất liệu, hoa văn và họa tiết trang trí của các hiện vật có nhiều nét tương đồng với các loại vật liệu xây dựng tại tháp Bình Sơn (Tam Sơn) và Hoàng thành Thăng Long. Nghiên cứu kỹ hơn kiểu dáng kiến trúc nền chùa, tháp và đường nét họa tiết, hoa văn trên hiện vật (cả trên các bình sứ chứa di cốt), các nhà khảo cổ học nhận định, chùa Kim Tôn xưa từng được chư vị Tổ sư thuộc hoàng tộc nhà Trần kế nghiệp, nhiều vị cao tăng đã từng trụ trì và hành đạo tại bản tự. Căn cứ vào chữ Hán trên các viên gạch, cho biết rằng, ngoài chùa cổ Kim Tôn, nơi đây đã từng tồn tại một tòa tháp cao khoảng 13 tầng (nhiều thế hệ cư dân gọi là tháp xanh). Đó cũng là minh chứng cho sự hưng thịnh một thời của đạo Phật trên toàn cõi Đại Việt nói chung và vùng Sông Lô, Lập Thạch… nói riêng.
Các chứng cứ khảo cổ và tư liệu lịch sử về chùa cổ Kim Tôn đã thúc đẩy cơ duyên hình thành nên Thiền viện Trúc Lâm Tuệ Đức hôm nay trong ý tưởng phục hồi và tiếp nối ngọn đèn chánh pháp từ chư vị Tổ sư. Âu cũng là tìm về mạch nguồn tâm linh của dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử do Sơ tổ Trần Nhân Tông (1258 – 1308) sáng lập.
Vua Trần Nhân Tông – vị Hoàng đế thứ ba của vương triều Trần – đã có công lao vĩ đại, lãnh đạo toàn quân và dân đánh bại hai cuộc xâm lăng của quân Nguyên Mông (1285 – 1288), bảo vệ toàn vẹn lãnh thổ và nền độc lập của dân tộc. Bên cạnh sự nghiệp quân sự, chính trị hiển hách, Thượng hoàng Trần Nhân Tông còn là người hợp nhất bốn dòng thiền Đại Việt từ trước đó: Dòng Tỳ-ni-đa-lưu-chi, Vô Ngôn Thông, Thảo Đường, Lâm Tế, thống nhất toàn bộ Giáo hội Phật giáo thời Trần về một mối. Năm 1299, Thượng hoàng Trần Nhân Tông chính thức xuất gia tu tại chùa Hoa Yên, núi Yên Tử, lấy hiệu Trúc Lâm Đại đầu đà. Năm 1304, Ngài bắt đầu nhập thế, hoằng dương chánh pháp ở khắp mọi thôn cùng, ngõ hẻm, khuyến tấn muôn dân Tam quy, Ngũ giới và thực hành thập thiện, khuyên dân bài trừ các tập tục mê tín, dị đoan. Năm 1308, tổ đệ nhị Pháp Loa chính thức được trao truyền y bát, nối dòng chánh pháp ở Cam Lộ Đường chùa Báo Ân – Siêu Loại. Năm 1317, nhị tổ Pháp Loa truyền y của Sơ tổ Trúc Lâm và tâm kệ cho tổ đệ tam Huyền Quang kế thừa tâm tông. Điểm nổi bật của thiền phái Trúc Lâm là tính nhập thế, thể hiện sức sống sinh động qua các trải nghiệm tu tập tâm linh giải thoát trong thực tiễn đời sống xã hội đương thời.
Vào cuối thế kỷ 20, Hòa thượng Tông Chủ Thiền Phái Trúc Lâm – Người khôi phục dòng Thiền Trúc Lâm Yên tử, và mạch nguồn đã tuôn chảy muôn nơi.
Tháng 4 năm 2010, Thiền viện Trúc Lâm Tuệ Đức chính thức khởi công xây dựng thuận theo lối kiến trúc chùa tháp Việt Nam. Tổng thể Thiền viện chia thành hai khu nội viện và ngoại viện với nhiều hạng mục chức năng khác nhau, bao gồm: Chánh điện, tổ đường, thiền đường, tăng đường, trai đường, giảng đường, thư viện, khu thiền thất, khu Ni xá, hoa viên… Tất cả các công trình được bố trí hài hòa với ý thức bảo tồn, giữ gìn cảnh quan thiên nhiên và môi trường sinh thái. Nơi đây có thể đáp ứng các nhu cầu căn bản về đời sống sinh hoạt cho tăng đoàn xuất gia, học hỏi, thực hành và truyền bá lời Phật dạy. Cũng là nơi thích hợp để tổ chức các khóa tu thiền, sinh hoạt Phật pháp cho giới cư sĩ và đại chúng.
Sự hiện hữu của Thiền viện Trúc Lâm Tuệ Đức không ngoài ý nguyện cống hiến các giá trị cao qúy từ con đường từ bi, trí tuệ của đạo Phật nói chung cũng như kế thừa, ứng dụng và chia sẻ những tinh hoa của dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử nói riêng; góp phần tô đậm thêm mối liên hệ mật thiết giữa các giá trị cốt lõi của Phật giáo với tính tự lập, tự cường của dân tộc, vốn hình thành từ ngàn đời trong tiến trình văn hóa Việt Nam. Bốn chúng Thiền viện Trúc Lâm Tuệ Đức xin nguyện tiếp bước theo tinh thần chánh pháp của Đức Như Lai và tâm tông của chư vị Tổ sư đã trao truyền cho hậu thế.